序序论第一果实第二（二十九条）菜蔬第三（五十八条）谷米第四（二十七条）鸟兽第五（四十条）
序发凡卷一补养之剂六味地黄丸附桂八味丸知柏八味丸七宝美髯丹还少丹黑地黄丸虎潜丸天真丸三才封髓丹大造丸补天丸人参固本丸参乳丸天王补心丹孔圣枕中丹大补阴丸滋肾丸（又名通关丸）斑龙丸龟鹿二仙膏补火丸唐郑相国
第1部分第2部分
自序小序凡例卷之一冬伤于寒春必病温大意春温风温温病温毒晚发拟用诸法备用成方临证治案卷之二春伤于风大意伤风冒风中风风寒风热风湿寒疫拟用诸法备用成方临证治案卷之三春伤于风夏生飧泄大意飧泄洞泄寒泻火泻暑泻湿
简介自序东洞先生著述书日记卷上卷中卷下跋《药征续编》序卷上卷下《药征续编》附录《药征续编》附言十七则
注序补注《明医杂着》序卷之一仲景东垣河间丹溪诸书孰优处方药品多少论异法方宜论丹溪治病不出乎气血痰郁产后发热伤寒时气病后调养泄泻劳热饮食劳倦内伤发热伤寒发热伤暑发热病有感伤中心腹疼痛病时静心息虑发热论补
序卷上定尺寸法点灸法下火法用火法候天色法定灸多少法定发际法发灸疮法淋洗灸疮法贴灸疮法人神所在不宜针灸每月忌日不宜针灸出血十二部人神不宜灸十二时忌不宜灸十二部年人神不宜灸九部旁通人神不宜灸杂忌旁通不宜灸
宣明方论
周序原序卷首女科总论胎产脉候调经章不及期而经先行经过期而后行一月而经再行经行或先或后经将行腹痛经水多少经水紫淡色经闭不行石瘕肠覃崩漏章崩漏经血妄行赤白带下白浊白淫白带辨症种子章保胎辑要总论受胎保护难产
叙上卷一、太极图抄引二、太极图（图缺）三、太极图说四、不知《易》者不足以言太医论五、问三才所同者于人身何以见之六、命门图说（图缺）七、右肾水火辩九、《难经正义》三焦评附：东垣三焦论十、问诊三焦包络十一