奇经八脉总说八脉阴维脉阳维脉二维为病阴跷脉阳跷脉二跷为病冲脉冲脉为病任脉任脉为病督脉督脉为病带脉带脉为病气口九道脉释音
凡例正文经义脉要针灸歌诀手法总论摸法接法端法提法按摩法推拿法器具总论裹帘振梃披肩攀索迭砖通木腰柱竹帘杉篱抱膝接骨歌诀上歌诀方法总论内证出血泛注发热外邪昏愦眩晕烦躁发喘作呕口渴不食秘结瘀滞血虚作痛筋挛骨
卷首集例先天图说天地人物气候相应说天地人物气候相应图释方历代医学姓氏三代以前，圣君贤相，创为医药，以济死生者也。秦汉以后，有通经博史，修身慎行，闻人巨儒，兼通乎医。医极其明者也。以医为业，世代相承者也
第1部分第2部分
序针经标幽赋流注通玄指要赋针经直说络说交经辨气血问答手足三阴三阳表里支干配合流注八穴序定八穴所在真言补泻手法夫妇配合古法流注杂忌法针灸避忌太一之图序冬至叶蛰宫说附∶针灸杂说窦汉卿流注指要后序
引凡例卷一上五脏六腑仰人尺寸（图缺）伏人尺寸（图缺）手足阴阳流注中指同身寸法手太阴肺经手阳明大肠经足阳明胃经足太阴脾经手少阴心经手太阳小肠经足太阳膀胱经卷一下足少阴肾经手厥阴心包络经手少阳三焦经足少阳
第一节 中药的含义第二节 中药的品种第三节 中药的命名第四节 中药的分类第五节 中药的产地第六节 中药的采集第七节 中药的性能一、五味二、四气三、升降浮沉四、补泻五、归经六、毒性第八节 中药的配伍第九
孙序卷一三吴治验万历龙飞二年吴小峰小川目疾万历甲戌沈中丞案张孝廉后渠大头疫吴江孙行人痛风（有发明）郑都谏公子痘（有发明）张文学子心病虚弱（有发明）大宗伯董浔阳翁脾胃疾（有发明）董龙山夫人便血马厨疟痢并
治法总论用药歌血头行走穴道歌左右论药中禁忌穴名药名全身门第一头面门第二身中门第三脊背门第四腿足门第五金创门第六杖伤附通用门第七跌损妙方书后谨跋
卷上详注灵枢素问伏气化温诸条详注难经伏气发温诸条详注仲景伏气化温证治各条附注仲景暴感暑热证治各条附注仲景兼感湿温证治各条卷中辨正周禹载温热暑疫各条辨正蒋问斋医略伏邪篇辨正张石顽伤寒绪论温热各条辨正吴又