序新刻药鉴卷之一寒热温平四赋，增补东垣未尽之意药性（寒门）药性（热门）药性（温门）药性（平门）新刻药鉴卷之一用药分根梢制药资水火用药丸散例解药毒法用药生熟法药性阴阳论病症标本论取方之法论各经补泻及专主
简介卷之上卷之下
叙卷之一咽喉大纲论喉舌分经说咽喉看治法总要十六绝症又四绝症右手图左手图针穴图卷之二精选应用诸方（九方）制药法（四法）爰采应用诸方（十二方）卷之三咽喉门第一（十一症图说）帘珠喉呛食哑喉内外肿喉风热喉紫色
前言卷第一摄生之一（佚）卷第二摄生之二（卷末缺）顺养六气九气调食寿限卷第三阴阳阴阳大论调阴阳阴阳杂说卷第四（佚）卷第五（卷首缺）人合阴阳合四海合十二水卷第六（卷首缺）脏腑之一五脏命分脏腑应候脏腑气液卷
脉诀阐微
百家针灸歌赋
洄溪医案
孙序卷一三吴治验万历龙飞二年吴小峰小川目疾万历甲戌沈中丞案张孝廉后渠大头疫吴江孙行人痛风（有发明）郑都谏公子痘（有发明）张文学子心病虚弱（有发明）大宗伯董浔阳翁脾胃疾（有发明）董龙山夫人便血马厨疟痢并
自序例言卷一禀赋源流总论摄养为本总论卷二阴阳脏腑总论卷三营卫经络总论卷四上四诊合参总论卷四下经解格阳关阴脉脉应四时阴阳脉候部位脉象辨病诊脉察色观形经脉应四时十二月五脏绝脉五脏脉象辨脉平病死旺之象辨平病
序一序二序三卷一卷二卷三疹痧疹附录吴山散记小引吴山散记