序序论第一果实第二（二十九条）菜蔬第三（五十八条）谷米第四（二十七条）鸟兽第五（四十条）
重雕元刻伤寒百证歌发微论叙卷上论伤寒七十二证候论桂枝汤用赤白芍药不同论伤寒慎用圆子药论桂枝麻黄青龙用药三证论两感伤寒论伤寒以真气为主论治伤寒须根据次第论仲景缓迟沉三脉卷下论表里虚实论桂枝肉桂论滑脉论用
杂症会心录
环周图说难上卷本输穴说难手太阴肺经五穴一、少商（井穴）二、鱼际（荥穴）三、大渊（俞穴）四、经渠（经穴）五、尺泽（合穴）手阳明大肠经六穴一、商阳（井穴）二、二间（荥穴）三、三间（俞穴）四、合谷（原穴）五
血證論卷一 陰陽水火氣血論卷二 吐血卷三 汗血卷四 便血卷五 瘀血卷六 癆瘵卷七卷八 方劑
妇科百辩
凡例卷一九恨十三不可学十传摹看手指筋纹乃医家异教说治病不可关门杀贼说治病不可开门揖盗说汤方内更换药味说看病秘诀死症辨卓溪家传口诀推拿代药赋卷二阐明五脏生克以知补母泻子辨脐风辨胎寒辨胎热辨胎毒发丹辨胎惊
弁言序题词跋卷一卷二卷三卷四
黄帝素问灵枢叙自序卷一 刺法九针十二原一小针解二九针论三官针四终始五官能六卷二 刺法刺节真邪七逆顺八行针九血络论十论勇十一论痛十二五邪十三五乱十四五禁十五玉版十六师传十七外揣十八禁服十九卷三 经络经脉
序（一）自记序（二）重刻外科证治弁言凡例卷一痈疽证治统论痈疽部位名记胃气论论肿论溃论敛论痛论痒五善歌七恶歌饮食宜忌论阳痈证治则例阴疽证治则例烂溃不敛治法翻花起肛治法患孔毒根治法漏管治法多骨治法毒瓦斯攻