自序卷上石膏滑石芒硝甘草黄人参桔梗术白头翁卷中黄连黄芩柴胡贝母细辛当归芎芍药牡丹皮茵陈蒿艾麻黄地黄葶苈大黄大戟甘遂附子半夏芫花五味子栝蒌实葛根防己卷下香豉泽泻薏苡仁薤白干姜杏仁大枣橘皮吴茱萸瓜蒂桂枝浓
兰室秘藏
古今名医方论
黄帝内经素问遗篇
首序自序性命篇上性命篇下补遗篇一补遗篇二辟邪篇太极图说注解序周子太极图（缺）无极而太极后跋
序一序二序三序四序五序六序七内经要旨序跋凡例助梓缙绅诸公氏号卷之一 历世圣贤名医姓氏五帝三代秦汉魏吴蜀晋南北朝隋唐五代宋金元皇明采摭诸书卷之二 内经要旨（上）唐太仆令启玄子王冰序校上内经素问表阴阳
重修本草之记重修证类本草序政和新修经史证类备用本草序证类本草所出经史方书卷第一嘉补注总叙本草图经序开宝复位序唐本序梁·陶隐居序上合药分剂料理法则补注所引书传林枢密重广本草图经序雷公炮炙论序新添本草衍义
茧唇一口疮二齿痛三舌症四喉痹诸症五喉痛六诸骨稻谷发鲠七治诸鲠咒法八误吞水蛭九诸虫入耳十蛇入七窍及虫咬伤十一男女体气十二附方并注
卷上·正编风病诸候上风偏枯候风失音不语候风口候风四肢拘挛不得屈伸候风身体两足不随候风鳅手足不随候偏风候风不仁候风湿痹候风湿候风鳅候风惊候风病诸候下风冷候头面风候风头眩候风癫候风邪候鬼邪候风瘙身体隐轸候
卷一九针原始歌九针式图并九针主治法歌行针次第手法歌行针分寸法歌十二经井荥俞经合原刺浅深歌五脏井荥俞经合歌六腑井荥俞原经合歌十二经表里原络总歌肺经表里原络穴主治歌大肠经表里原络穴主治歌脾经表里原络穴主治