序序凡例卷一述原引种预防禁忌辨证卷二论治（上）卷三论治（下）卷四运气选案
叙自叙凡例医学集成卷一阴阳诸论天地阴阳人身阴阳病有阴阳药有阴阳阴虚证论阳虚证论先天解说后天解说丹田解说五行生克五脏六腑脏腑表里脏腑所属足六经辨手六经辨十二经络寸关尺解六部脉解脉定至数脉定权衡浮沉统属（
序卷上一、道生二、阴阳六十四卦、方圆二图三、色诊四、脉诊五、藏象卷下一、经络二、治则三、病能
简介自序集之一·初生门集之二·肝脏部集之三·心脏部一集之四·心脏部二集之五·心脏部三集之六·心脏部四集之七·脾脏部（上）集之八·脾脏部（下）卷之九·肺脏部·肾脏部
序一、内科感冒风温春温暑温湿温伏暑秋燥冬温咳嗽喘证哮证痰证血证惊悸怔忡不寐遗精癫狂痫证中风眩晕厥证脱证痹证痿证脚气胃脘痛胁痛腹痛腹胀噎气呃逆呕吐霍乱泄泻痢疾便秘脱肛疟疾黄疸积聚水肿淋证疝气诸虚中毒发杂
序卷之一五绝死第一虚劳第二诸风第三伤寒时疫第四中诸毒第五诸虫蛇伤第六头痛第七咽喉第八心病第九腹痛第十腰痛第十一疝气第十二诸气第十三香港脚第十四水蛊第十五痰嗽第十六胃病呕噎第十七诸血第十八消渴第十九霍乱
脉诀指掌病式图说
序重刻序卷一升降部围药部内消部内护部卷二化毒部点头部拔毒部去腐部止痛部生肌收口部去管部膏药部卷三疔疮部喉症部诸疮部卷四疮部癣疮部痔疮部口牙部鼻耳部脚部补遗
叙上卷一、太极图抄引二、太极图（图缺）三、太极图说四、不知《易》者不足以言太医论五、问三才所同者于人身何以见之六、命门图说（图缺）七、右肾水火辩九、《难经正义》三焦评附：东垣三焦论十、问诊三焦包络十一
重雕宋本《卫生家宝产科备要》叙卷第二孙真人养胎论徐之才逐月养胎方妊娠一月妊娠二月妊娠三月妊娠四月妊娠五月妊娠六月妊娠七月妊娠八月妊娠九月妊娠十月卷第三论初妊娠论欲产并产后卷第四二十一论并增入十八论第一